Question posée par pai le 08/06/2020

Bonjour,

Chaque jour en début de soirée, le site du gouvernement info-coronavirus fait un point sur l'état de l'épidémie de Covid-19 en France. On y trouve différentes statistiques, dont le nombre de cas confirmés.

Selon cette plateforme, il y avait ainsi, lundi, et depuis le début de la crise sanitaire, 154 188 personnes en France dont la contamination a été confirmée par un test PCR.

Figure également sur le même graphique l’évolution du nombre de nouveaux cas confirmés chaque jour :

Selon ce recueil, il y avait, ces derniers jours, 257 nouveaux cas le 31 mai, 338 le 1^er juin, -766 (sic) le 2 juin, 352 le 3 juin, 767 le 4 juin, 611 le 5 juin, 579 le 6 juin, 343 le 7 juin, et 211 le 8 juin.

Outre leur caractère un peu erratique, avec des bonds spectaculaires (+3325 le 28 mai) et même des valeurs négatives (-766 le 2 juin), ces chiffres sont assez différents de ceux livrés par le site de Santé publique France (à l'onglet «nombre de personnes positives - quotidien», puis onglet «synthèse») :

Selon ce site, le nombre de nouvelles personnes positives était de 155 le 31 mai, 148 le 1^er juin, 692 le 2 juin, 617 le 3 juin, 537 le 4 juin, 470 le 5 juin, puis plus rien pour les 6, 7, et 8 juin.

Pourquoi donc des chiffres aussi différents ? La question se pose d’autant plus que ces jeux de données viennent tous deux de… l’agence Santé publique France.

L’explication est la suivante : jusqu’au 13 mai, les pouvoirs publics n’avaient qu’une vision partielle du nombre de tests réalisés en France, une partie de ceux réalisés en ville, notamment, n’étant pas centralisés. Depuis la mise en place, le 13 mai, du système centralisé Si-Dep, la quasi-totalité tests réalisés dans les labos privés et dans les labos hospitaliers sont connus et centralisés.

Or jusqu’à la mise en place de Si-Dep, Santé Publique France ne communiquait que sur le nombre de tests positifs reçus chaque jour, quelle que soit la date du prélèvement réalisé sur le patient. C’est ce chiffre qui était - et est toujours - repris sur le site du gouvernement. Pour les 352 tests positifs comptabilisés le 3 juin, par exemple, il peut s’agir de resultats de prélèvements réalisés le 29, le 30 ou encore le 31 mai. Cette donnée ne fait donc pas état du nombre de personnes s’étant rendue chaque jour dans un labo et dont le test est positif, mais du nombre de résultats remontés chaque jour, et concernant des prélèvements effectués sur plusieurs jours précédents.

Par ailleurs, le bon du 31 mai (+3325) correspond à un rattrapage de tests non-comptabilisés et enregistrés d’un coup ce jour-là. En effet, si le système Si-Dep a été mis en place progressivement à partir du 13 mai, les tests supplémentaires remontés par ce biais n’ont pas été intégrés dans la base avant le 28 mai, d’où l’arrivée en «bloc» de tous ces tests remontés sur les neuf jours précédents. Même chose pour la hausse de 1 828 tests le 30 mai, qui correpond à l’intégration, avec retard, des tests de l’APHP (assistance publique - hôpitaux de Paris).

Quant au chiffre négatif du 2 juin, il est lié à une régularisation effectuée a posteriori, consistant à écarter les tests multiples concernant une même personne.

L’autre jeu de données, publié sur le site Geodes de Santé Publique France depuis le 29 mai, fait état des tests positifs par date de prélèvement. Pour le 3 juin, par exemple, le chiffre de 617 signifie que sur les tous les prélèvements effectués ce jour-là en France, 617 se sont révélés positifs.

Or comme il faut deux à trois jours pour connaître le résultat des tests, ces chiffres pour le 3 juin ne sont pas publiés avant le 6 juin. C’est pour cette raison également que les données les plus récentes sur les tests publiés sur Geodes ont trois jours de retard et qu’il n’existe pas de valeurs pour les trois derniers jours. Quant aux «trous» observés certains jours, avec un nombre de tests particulièrement bas, ils correspondent aux week-ends, et notamment au dimanche, où nombre de labos de ville sont fermés.

A noter qu’entre ces deux indicateurs, celui permettant de suivre au plus près la réalité de l’évolution de l’épidémie semble être celui publié par Santé publique France, dans la mesure où l’agence classe les résultats des tests chaque jour en fonction de la date de prélèvement, donc du moment où la personne s’estime potentiellement infectée et se rend dans un laboratoire.