Ce 23 juillet sur France Info, à quelques jours de la cérémonie d’ouverture des JO, le ministre délégué à la Santé et à la Prévention, Frédéric Valletoux, a été interrogé sur «la recrudescence récemment observée de cas de Covid» en France. «Bien sûr, le Covid est là», a-t-il commenté, tempérant aussitôt : «On a vu une petite pression du Covid fin mai, début juin et, depuis, une décélération du Covid.» Précisant, concernant les mesures barrières, qu’il n’y avait «pas d’obligation, parce qu’on est à des niveaux qui sont très faibles». «Vu le niveau très bas de circulation du Covid», les précautions sont laissées «à la libre appréciation des organisateurs». Un constat décrié par certains, qui le jugent faux et irresponsable.
Deux jours plus tard, sur la même antenne, la ministre des Sports, Amélie Oudéa-Castéra, était invitée à commenter les cas d’athlètes belges «qui ont dû différer leur venue parce que positifs au Covid» ou d’une joueuse de water-polo australienne «à l’isolement parce que positive». Cachant mal un certain agacement, elle a expliqué que «le Covid [faisait] partie de nos vies» et que «les athlètes sont exposés à cela». Mais, assurait-elle, «il n’y a absolument pas de pic épidémiologique, ça ne sert à rien de jouer à se faire peur».
Les indicateurs utilisés par les agences sanitaires confirment-ils, ou non, les propos des deux ministres ? Le virus circule-t-il moins que «fin mai, début juin», et ces niveaux sont-ils faibles ?
Faible niveau d’activité
Un indicateur dédié à l’ensemble des infections respiratoires aiguës (et non aux seuls cas de Covid), mis à disposition par le réseau Sentinelles et basé sur les signalements effectués par des médecins généralistes, identifie une croissance des cas à partir de début mai. Depuis lors, les niveaux oscillent légèrement au-dessus ou autour d’un cas pour mille habitants, restant «à un faible niveau d’activité». Dans le cas particulier du Covid-19, les consultations seraient actuellement autour de 52 cas pour 100 000 habitants – soit un nombre de nouveaux cas sur une semaine estimé dans une fourchette de 26 500 à 42 900. Une «légère diminution» est relevée par rapport à la semaine précédente, qui ne marque toutefois pas nécessairement une baisse tendancielle. De fait, précise le rapport, l’activité observée «montre une circulation toujours active du SARS-CoV-2», «qui se maintient à un niveau similaire à celui observé depuis cinq semaines».
Si l’on se réfère au dernier bulletin SurSaUD du réseau SOS Médecins, daté du 22 juillet, la proportion de suspicion de Covid-19 dans les actes codés par les professionnels a surtout commencé à croître fin mai, comme évoqué par Valletoux. En revanche, elle s’est depuis globalement maintenue aux mêmes niveaux. Selon le Bulletin hebdomadaire du réseau OSCOUR daté du 23 juillet, «les passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 [progressaient] à nouveau chez les enfants», avec 53 passages supplémentaires au niveau national (soit une hausse de 21 %), tandis que «les effectifs [restaient] stables chez les adultes».
Le bulletin COVID de Santé publique France (SPF), publié le 24 juillet 2024, qui reprend ces données, confirme que «les indicateurs syndromiques et virologiques étaient en légère augmentation en ville, et stables à l’hôpital» durant la semaine écoulée. Les données «fluctuent depuis cinq semaines au même niveau, avec très probablement des comportements de dépistage variables». SPF note toutefois que la part d’hospitalisations après passage aux urgences pour Covid semble «modérée», en comparaison «des vagues de circulation du virus précédentes».
Surveillance dans les eaux usées : une situation «hétérogène sur l’ensemble du territoire»
L’analyse est complétée avec des mesures réalisées au niveau des eaux usées – une approche considérée comme un bon indicateur de la circulation du virus dans la population, indifféremment de l’apparition de symptômes ou de démarches de dépistages. Analyses qui montrent une baisse de 5,3 % du taux d’échantillon positifs (au niveau national), suggérant «une tendance à la baisse du niveau de circulation du SARS-CoV-2». Cette baisse tendancielle au niveau national cache cependant des disparités régionales. A titre d’exemple, le bulletin de SPF édité dans le contexte des Jeux olympiques pour la région Nouvelle-Aquitaine, note «une tendance à la hausse du niveau de circulation» du virus dans les eaux usées, au plus haut depuis le début de l’année.
En conclusion, depuis juin, le nombre de cas diagnostiqués tend à être stable, et non à décroître. En revanche, une décroissance récente des infections (symptomatiques ou non) est suggérée par les mesures de matériel viral dans les eaux usées, ce qui peut indiquer une décélération de la circulation du virus.
Selon SPF, le variant JN.1 du virus domine à 99 % sur le territoire, la sous-lignée KP.3 représentant plus de la moitié des séquences testées. Une souche jugée particulièrement contagieuse, mais qui engendre des symptômes relativement modérés par rapport à de précédents variants.
Le dernier bulletin de l’agence note que, «dans le contexte de la circulation toujours active de SARS-CoV-2, notamment à l’occasion des grands rassemblements à venir cet été, […] l’adoption des gestes barrières demeure un moyen efficace pour se prémunir d’une infection respiratoire et de ses complications et limiter le risque de transmission à l’entourage et particulièrement aux personnes vulnérables».