La Cour des comptes critique également «la mauvaise tenue des inventaires» du Louvre, en particulier dans le recensement des oeuvres prêtées à d'autres institutions. «Ce travail, qui aurait dû être achevé dès la fin 1999, a pris beaucoup de retard», notent les auteurs, évoquant le manque de moyens du musée. Le Louvre compte 21 600 oeuvres confiées en dépôt, essentiellement dans les musées de province, dont 7 000 peintures (plus qu'il n'en expose dans ses propres galeries). Une bonne part est prêtée depuis plusieurs décennies, voire un bon siècle, ce qui ne facilite pas les recherches, dans la mesure où les inventaires sont loin d'avoir été bien tenus.

En 1996, le gouvernement a mis en place une commission pour conduire une vérification en grand des oeuvres en dépôt. Ce «récolement» concerne l'ensemble des oeuvres publiques prêtées par les musées, le mobilier national ou les fonds d'art contemporain. Dans son rapport 1999-2000, dont des extraits ont été révélés à l'émission Soixante Minutes (Canal +), la commission dresse un constat accablant : une oeuvre sur cinq serait «perdue». Certaines ont pu s'égarer dans les réserves. Mais, pour la commission, «il y a tout lieu de supposer que le vol en est, avec la négligence, la principale cause». Fin 2000, une vérification a pu être opérée sur 34 045 oeuvres. 6 047 ont été dérobées ou égarées, 699 autres étant «présumées détruites», dans les guerres notamment. Il n'y a pratiquement jamais de plainte : le vol passe inaperçu, ou l'aute