La principale menace pour la faune marine est la pêche. Plus de 7 000 espèces en sont victimes. La prise accessoire (capture involontaire d’animaux marins lors de la pêche) touche particulièrement les cétacés et les requins. Près des côtes, les activités humaines d’industrie, d’urbanisme ou de tourisme perturbent le milieu naturel de milliers d’espèces. Enfin les premiers effets du changement climatique global, en réchauffant et en acidifiant les océans, engendrent des effets à long terme encore mal mesurés.

Si toutes les mers du monde sont en situation de surpêche, celle-ci est particulièrement importante dans le sud-est du Pacifique et dans le sud-ouest de l’Atlantique. Mais les côtes européennes sont également concernées, avec 21% de surexploitation de stocks de poisson et 44% au large des côtes nord-américaines. Afin de lutter contre les effets néfastes de la pêche, 18 448 aires de protection marine ont été créées, elles couvrent 29 581 883 km2 soit 8% des mers et des océans. Les réglementations sont néanmoins très variables d’une aire à l’autre, et seul 2,8% des océans sont réellement protégés de la pêche.

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La prise accessoire désigne, dans le domaine halieutique, toute capture qui ne correspond pas aux organismes marins visé