Le fils de Joseph Brunner et d'Anna Kruise est né le 8 avril 1912, à Rohrbrunn, un village de la partie hongroise de l'Empire autrichien. Sa famille, des petits paysans, est imprégnée de nationalisme et d'un catholicisme fortement teinté d'antisémitisme. Ici, on reprochait aux Juifs d'être à l'origine de la défaite de la Première Guerre mondiale et des maux de l'Autriche.

Aloïs Brunner a 15 ans lorsque, faute de moyens, il doit interrompre sa scolarité et devenir apprenti dans un grand magasin. A 19 ans, il adhère au parti nazi de Furstenfeld, matricule 510.064. Après quelques mois, il est admis dans la milice nazie des SA (Sturm Abteilungen). On est en décembre 1931. Dans une biographie fouillée, le journaliste Didier Epelbaum a retrouvé l'appréciation laudative de son chef de section: «Brunner était un combattant enthousiaste pour notre idée et sacrifiait tout son temps libre.»

Lorsque le parti nazi est interdit en Autriche, le 19 juin 1933, Brunner a ordre de rejoindre la Légion autrichienne. Il y rencontre Adolf Eichmann, premier exécutant de la «solution finale». «C'est l'un de mes meilleurs hommes», disait Eichmann de Brunner. Dorénavant, celui-ci exprime ouvertement et violemment sa haine des Juifs. Une semaine après la Nuit de cristal du 10 novembre 1938, Brunner pose sa candidature à la SS. Il est accepté le 10 avril 1939. Matricule 342.767. Il adhère au Sipo (Sicherheitspolizei)-SD, issu de la fusion de la police de l'Etat et du parti. A la Gestapo, il relève de la s