Coup sur coup, deux torpilles de la Commission européenne ont atteint la SNCM en 2013. Deux amendes, de 220 millions d'euros chacune, qui cueillent à froid la compagnie alors qu'elle venait de voter son plan de sauvetage. L'UE demande d'abord à l'Office de tourisme corse (abondé par l'Etat) la restitution de 220 millions d'euros de subventions versées l'été depuis 2007 au titre de la continuité territoriale - alors qu'en cette saison, les navires sont pleins et l'activité rentable, juge la Commission. Marc Dufour, patron de la SNCM, ne comprend pas : «C'est méconnaître le droit pour chaque Etat de définir sa notion du service public.» Un recours a été déposé. «Nous devrions gagner au fond, mais les délais sont si longs qu'on a le temps de mourir dix fois», redoute-t-il. La France, qui avait jusqu'en septembre pour engager la demande de remboursement, n'a pas donné le coup de grâce. Elle a fait le mort et, du coup, l'affaire a été portée devant la Cour de justice européenne. La Commission en a profité pour doubler la mise, et exigé que la France récupère 220 autres millions d'aide versés sous le gouvernement Villepin pour restructurer la SNCM lors de sa privatisation.
Ces deux procédures ont été initiées par Corsica Ferries, une société concurrente qui développe un modèle social à l'exact opposé de la SNCM. Elle snobe le pavillon français, qui impose le respect du droit du travail national. Les contrats de travail de ses marins sont signés dans leur pays d'or