Conseiller municipal d'Istres en 1977, François Bernardini est devenu, en 1979, directeur général du SAN, le syndicat d'agglomération nouvelle, qui regroupe plusieurs communes autour de l'étang de Berre (devenu l'intercommunalité Ouest Provence). De ce poste, il pouvait, selon ses opposants, distribuer ses faveurs. En 1990, nommé patron du PS dans les Bouches-du-Rhône, il connaît sa première alerte judiciaire en 1995, quand il est déclaré comptable de fait, pour avoir fait payer ses dépenses politiques personnelles par des associations paramunicipales. Ça ne l'empêche pas de gravir les échelons : il est alors député européen depuis 1994, il a aussi siégé à l'Assemblée en remplacement de Michel Vauzelle, dont il était le suppléant.

En 1998, brièvement président du conseil général, il doit démissionner. C'est le début de la chute. En 1999, il quitte, contraint et forcé, la présidence de la fédération PS, après sa mise en examen dans l'affaire de la Mnef (il sera relaxé).

En mars 2001, bien qu'exclu du PS et déjà condamné, il est élu maire d'Istres. En juin, la cour d'appel le condamne à dix-huit mois de prison avec sursis, 60 000 euros d'amende, cinq ans d'inéligibilité pour abus de confiance au préjudice d'associations paramunicipales istréennes.

En 2002, il doit démissionner de la mairie d'Istres, ses opposants l'appellent depuis «l'intérimaire». En novembre 2004, nouvelle condamnation en appel : huit mois avec sursis, 6 000 euros d'amende, pour recel d'abus de biens sociaux. I