Les plaintes avaient jeté un froid, l'instruction, elle, s'annonce explosive. Dans une ordonnance rendue le 16 février 2006, la juge d'instruction aux armées, Brigitte Raynaud, a décidé d'aller à l'encontre du procureur Jacques Baillet et de déclarer recevables les quatre plaintes accusant l'armée française de «complicité de génocide» au Rwanda en 1994 qu'il avait rejetées en les estimant infondées. Fait rarissime, le parquet a fait appel de la décision de la juge d'instruction. C'est la chambre d'instruction de la cour d'appel de Paris qui tranchera.

Derrière cette obscure bataille judiciaire se cache un bras de fer très politique entre deux visions radicalement opposées du rôle de la France au Rwanda avant et pendant le génocide de 1994, qui a coûté la vie à quelque 800 000 personnes, principalement des Tutsis. En février 2005, six Rwandais ­ tous Tutsis ­ avaient déposé plainte avec constitution de partie civile au tribunal des armées de Paris par le truchement de leurs avocats, William Bourdon et Antoine Comte. Les plaintes visent le comportement des soldats français durant l'opération Turquoise. Cette expédition militaro-humanitaire, à l'initiative de la France et sous parapluie onusien, avait débuté durant la dernière semaine de juin 1994, alors que le génocide était presque achevé.

Fortes réticences. Dès le début de l'affaire, la juge Raynaud s'est opposée au procureur Baillet. N'estimant pas les plaintes suffisamment étayées, ce dernier avait refusé d'ouvrir une instru