La question du statut de Jérusalem reste officiellement un des principaux points d'achoppement dans les relations entre Israël et le Vatican. Mais s'il revendique toujours un «statut spécial» pour la Ville Sainte, le Saint Siège a adopté une position avant tout pragmatique. «Alors qu'avant la guerre des Six Jours, le Vatican était un défenseur acharné et agressif de l'internationalisation de Jérusalem, il réclame depuis 1967 un "statut spécial avec des garanties internationales" pour la ville, qui est extrêmement flou et peut être interprété de façons multiples», souligne Amnon Ramon, spécialiste des relations entre Israël et le Vatican. Il relève aussi que «la position pragmatique du Vatican est le résultat de l'évolution des positions théologiques de l'Eglise, notamment de l'influence de Vatican II, et du nouveau rapport de force après la victoire israélienne de 1967».

Lieux saints. L'internationalisation de Jérusalem, prévue par le plan de partage de l'ONU de 1947, avait été acceptée par les premiers dirigeants israéliens, notamment David Ben Gourion. La guerre de 1948 a changé la donne : à partir de 1949, Jérusalem a été divisé entre Israël et la Jordanie, et les deux pays ont tacitement maintenu le statut de la ville, capitale des trois religions monothéistes. A l'issue de la guerre des Six Jours, en juin 1967, Israël a annexé la partie orientale de Jérusalem, y compris la Vieille ville, où se trouvent les lieux saints chrétien