Ce qui rend la situation au Cachemire des plus inextricables, c’est que l’insurrection séparatiste qui a saisi le pays, à partir de 1989, a été en partie récupérée par des groupes armés islamistes venus du Pakistan. Ce qui l’aggrave encore, c’est que ces mêmes groupes sont financés, armés et appuyés par la toute-puissante ISI (Inter-Services Intelligence, les services secrets militaires pakistanais). Derrière l’agitation séparatiste, se perpétue donc le conflit qui oppose depuis 1947 l’Inde et le Pakistan, ce pays n’ayant jamais renoncé à ce territoire qui lui a été arraché par la force lors de la première guerre entre les deux pays.
Pour mener son combat, Islamabad a donc recours à ces groupes ultraradicaux dont les plus emblématiques sont le Lashkar-e-Toiba et le Jaish-e-Mohammed. Ce sont eux qui ont fait évoluer la guérilla, à l’origine purement locale, en un combat panislamique. Créé par les services secrets pakistanais, le Lashkar-e-Toiba, le plus important des deux groupes, a longtemps eu son quartier général près de Lahore et ses camps d’entraînement dans la partie pakistanaise du Cachemire.
Même si, sous la pression de Washington qui les a liés au réseau Al-Qaeda, ces deux groupes sont considérés depuis 2002 comme des organisations terroristes par Islamabad, ils ont pu disperser leurs forces que l’on retrouve aujourd’hui sous quelques avatars. C’est encore le Lashkar-e-Toiba qui est suspecté d’avoir mené la sanglante attaque contre Bombay (174 morts), en novembre 2008.