La controverse sur l'attitude de l'Eglise argentine pendant les années de dictature (1976-1983) a ressurgi après l'élection comme pape de l'archevêque de Buenos Aires Jorge Bergoglio, entendu comme témoin par la justice en 2010 sur l'emprisonnement de deux jésuites.

Les détracteurs de Jorge Bergoglio le soupçonnent d’être impliqué dans l’enlèvement de deux missionnaires jésuites, Orlando Yorio et Francisco Jalics, emprisonnés le 23 mars 1976 puis torturés dans un centre de détention réputé pour sa cruauté, l’Ecole de mécanique de la marine (ESMA), avant d’être libérés cinq mois plus tard.

Jorge Bergoglio a toujours nié toute implication dans ces enlèvements. Il dirigeait à l’époque l’ordre des jésuites en Argentine. Les deux missionnaires avaient pris fait et cause pour l’opposition à la dictature et Bergoglio les avait exclus au nom de la neutralité politique de la Compagnie de Jésus. Son objectif était de conserver l’unité des jésuites face à la tentation de la théologie de la libération.

Horacio Verbitsky, auteur de l'ouvrage «Double jeu, l'Argentine catholique et militaire», est un de ses principaux accusateurs et dit avoir connaissance de «cinq nouveaux témoignages, qui confirment le rôle de Bergoglio dans la répression du gouvernement militai