Oui, l'agriculture biologique utilise des pesticides. Car si son but est bien de «restreindre l'utilisation d'intrants extérieurs», il existe une liste de produits phytosanitaires autorisés. L'ajout d'une substance à cette liste est le fruit d'un débat. Les critères regardés sont, selon la Fédération internationale des mouvements d'agriculture biologique (Ifoam), le caractère naturel ou non d'une substance mais aussi le procédé de fabrication, l'existence d'alternative et le besoin exprimé par les agriculteurs. La non-utilisation de produits hors de cette liste fait partie des contrôles des organismes certificateurs. On trouve parmi les substances d'origine naturelle autorisées la laminarine (extraite d'algues) et la pyréthrine (extraite de chrysanthèmes). La réglementation européenne liste aussi des substances autorisées mais définies comme d'origine ni animale, ni végétale, ni issues de micro-organismes (la réglementation américaine prend moins de gants et parle de «substances synthétiques»). On trouve notamment l'hydroxyde de calcium (ou chaux éteinte), l'huile de paraffine (issue du pétrole) et les fameux «composés de cuivre» (bouillie bordelaise et autres). Ces derniers ont vu leur autorisation prolongée pour sept ans en Europe mais avec des conditions d'utilisations plus drastiques depuis novembre. Les quantités à ne pas dépasser par hectare : de 6 kg en moyenne sur cinq ans à 4 kg en moyenne sur sept ans. L'Efsa et l'Inra ont pointé du doigt les dangers du cuivre, et notamment son accumulation dans le sol.