Sur un terrain creusé entre la mairie et l'hôpital de Saint-Maurice, tout près de Charenton dans le Val-de-Marne, un important cimetière protestant émerge tout doucement. Pas n'importe lequel : les corps qui s'y entassent ont été enterrés là pendant la période de l'application de l'édit de Nantes, promulgué en 1598, révoqué en 1685. Les huguenots parisiens avaient alors été invités à pratiquer leur culte à cinq lieues de la capitale, tandis qu'un décret royal de 1609 les contraignait à enterrer leurs morts la nuit, sans cortège funèbre et sous la surveillance d'un archer du guet, ceci pour éviter les désordres et émeutes. Sur l'emplacement qui accueillera bientôt une maison médicalisée, c'est la première fois en France qu'un cimetière protestant est fouillé par des archéologues.
Coexistence. Avant 1598, catholiques et protestants se disputaient âprement les cimetières, les profanations étaient courantes et l'on déterrait les «hérétiques». Après les horreurs des guerres de religion, l'édit de Nantes promulgué par Henri IV établit alors la coexistence des catholiques et des protestants, et restitue à ces derniers des lieux de culte. Il leur impose cependant des cimetières séparés, à l'écart des villes, les cimetières paroissiaux étant désormais réservés aux catholiques. Les huguenots de Paris et ceux de passage dans la capitale vont donc pratiquer leur culte au temple de Charenton-le-Pont et s'y faire enterrer.
D'après les textes, deux temples furent construits à cette époque da