«Je suis physicien nucléaire et je cherche des médicaments. Cela surprend. Mais il y a un lien entre les deux domaines : le calcul. En tant que physicien, j'ai appris à utiliser des systèmes informatiques complexes pour analyser de grands volumes de données. Or le programme sur les médicaments auquel je collabore repose aussi sur le déploiement d'une gigantesque capacité de calcul.
Il s'agit de trouver, parmi quelque 300 000 composés chimiques, des molécules susceptibles de bloquer le virus H5N1 de la grippe aviaire. Ces molécules devront inhiber l'une des enzymes du virus indispensables à sa multiplication, la neuraminidase N1. Pour ce faire, elles devront s'y ancrer sur un site précis.
Quelles sont donc celles douées d'un tel potentiel ? Il est impensable de tester en laboratoire 300 000 molécules. Trop cher, trop lent. Par où commencer ? C'est le casse-tête de la recherche pharmaceutique.
L'informatique fournit une solution : elle permet de simuler la rencontre entre une molécule et sa cible. Mais tester 300 000 molécules signifie analyser des millions de combinaisons. Nous estimions que c'était possible si on alignait une immense puissance de calcul.
C'est ainsi que des biologistes, des informaticiens et des gens comme moi, habitués des grosses masses de données, se sont associés, dans le cadre d'une collaboration internationale utilisant l'infrastructure fournie par la «grille de calcul» européenne Egee. Cette grille, la plus puissante au monde, consiste en une mise en comm