Le berceau de l’humanité est incontestablement – du moins sans preuve du contraire – africain. Il y a entre 315 000 et 200 000 ans, Homo sapiens, à savoir l’homme moderne, est en effet apparu à divers endroits du continent : au Maroc, où les plus vieux restes humains connus à ce jour ont été exhumés (des dents et des os crâniens) ces dernières années, en Afrique du Sud, où l’on a retrouvé un crâne préhistorique de 260 000 ans, et en Ethiopie, où les fossiles d’Omo Kibish ont longtemps plaidé pour une origine est-africaine de notre espèce. Ces découvertes paléoanthropologiques majeures ont alors permis d’appuyer la théorie la plus couramment admise aujourd’hui, «out of Africa», à savoir la sortie d’Afrique de l’homme moderne il y a environ 180 000 ans à la conquête du monde.

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Pourtant, l'histoire de nos origines sur le continent même est très loin d'avoir été reconstituée, et en particulier l'émergence de notre espèce. A ce propos, deux hypothèses cohabitent et sont débattues : nos premiers ancêtres sont-il nés dans un «jardin d'Eden» est ou sud-africain avant de migrer et de coloniser peu à peu le reste du continent ? Ou alors, plusieurs groupes humains ont-ils émergé en plusieurs points d'Afrique au Pléistocène moyen, avant de co-évoluer au gré de leurs rencontres et de leurs métissages ? Cette dernière piste, que l'on dit «multirégionale» en raison de la diversité morphologique des tout premiers Homo sapiens, a d'ailleurs de nos jours les faveurs de la plupart des paléoanthropologues (1). A moins d'un pavé dans la mare, comme cette étude publiée lundi dans Nature, affirmant avoir identifié la patrie originelle de l'«homme anatomiquement moderne», en Afrique australe, dans le nord de l'actuel Botswana.

Que disent en substance ses auteurs, emmenés par la généticienne Vanessa Hayes de l'université de Sidney ? Qu'au sud du Zambèze, il y a 200 000 ans, le désert de sel du pan de Makgadikgadi, les restes d'un très vieux lac dans le bassin du Kalahari, aurait été le berceau de notre espèce – il s'agissait alors d'une région marécageuse, verdoyante et fertile. A la faveur de conditions climatiques nouvelles, et de «corridors verts», 70 000 ans plus tard, ses occupants, nos ancêtres donc, auraient ensuite migré vers le nord-ouest, puis le sud-est jusqu'à sortir d'Afrique. Et toute cette histoire, disent-ils, on peut la raconter grâce à l'analyse génétique, notamment de l'ADN mitochondrial, en retraçant la généalogie des lignées maternelles d'habitants actuels, les Khoïsan (un peu plus de 1 000 personnes), de cette région peu étudiée d'Afrique australe et porteurs du très vieux marqueur «L0».

Photo Hayes et al.,

Nature

, octobre 2019.

Suffisant méthodologiquement parlant ? Depuis la publication de l'étude en début de semaine, c'est de fait sur ce point très précis que se cristallisent les très nombreuses critiques des généticiens, paléoanthropologues et archéologues du monde entier, à l'instar de Jean-Jacques Hublin, Christopher Brian Stringer ou Eleanor Scerri. Si certains d'entre eux reconnaissent l'intérêt pour notre «connaissance de la diversité génétique humaine» des résultats avancés par Vanessa Hayes, notamment dans cette région du sud de l'Afrique, la plupart s'étonnent néanmoins de conclusions qui ne prennent pas du tout en compte les travaux les plus récents, comme les découvertes de vieux os ou d'outils anciens antérieurs. «Ils ignorent les sites archéologiques et les fossiles, soulève par exemple le paléoanthropologue Aurélien Mounier, spécialiste de l'histoire évolutive du genre Homo. Même si coupler leur analyse génétique avec une modélisation paléoenvironnementale précise est une bonne chose. De manière générale, et comme à chaque nouvelle découverte en paléoanthropologie, il faut savoir rester prudent quant à la portée réelle de ces résultats.»

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Un avis partagé par le paléoarchéologue Francesco d'Errico, de l'université de Bordeaux. «Ils disent apporter des preuves archéologiques, déplore le scientifique du CNRS. Mais s'ils voulaient effectivement utiliser l'archéologie pour étayer leur scénario, ils devraient se demander si les présumées migrations ont laissé des traces archéologiques sur les deux possibles voies migratoires qu'ils proposent, ce qu'ils ne font pas.» «Il y a peu de remise en contexte : l'article compare très peu ses données avec celles d'autres études déjà publiées et incluant des populations d'autres régions voisines de celle étudiée, souligne quant à lui le généticien des populations humaines Paul Verdu, chercheur au CNRS rattaché au Musée de l'homme. Il est donc difficile de savoir si l'histoire ici racontée ne changerait pas radicalement si on prenait en compte l'histoire mitochondriale des populations congolaises, mozambicaines, angolaises, kenyanes, etc.»

Autre critique, et pas des moindres : le choix de Vanessa Hayes et ses acolytes de se focaliser uniquement sur l'ADN mitochondrial. Certes, cela à l'avantage de la facilité car cela permet de remonter facilement un lignage, mais ce n'est qu'une toute petite partie du génome des humains, donc forcément partiel en l'absence d'ADN ancien par ailleurs. «Pour faire simple, une mère transmet son ADN mitochondrial à tous ses descendants, et l'a reçu de sa mère, explique encore le généticien Paul Verdu. Donc vous avez quatre arrière-grands-mères biologiques qui ont donné naissance à vos grands-parents, etc. Vous ne portez que l'ADN mitochondrial d'une seule de ces quatre arrière-grands-mères. En regardant l'ADN mitochondrial seulement, on n'étudie qu'une partie de votre histoire génétique. Il reste donc encore beaucoup à étudier sur le chromosome Y [qui serait apparu chez les premiers sapiens il y a plus de 300 000 ans au Cameroun, ndlr] et l'ADN des autosomes [les chromosomes autres que X et Y], pour effectivement pouvoir parler de l'histoire évolutive et génétique de ces populations dans leur ensemble.» Et d'ajouter : «Penser, a priori, que les populations échantillonnées sont les descendants génétiques directs des populations présentes au même endroit il y a 100 000 à 200 000 ans est un peu… ambitieux lorsqu'il s'agit d'Homo sapiens, connu pour être un très grand voyageur à toutes les époques.» Et pour l'instant, un migrant à la patrie originelle contestée.

(1) Lire Mounier et al., Nature, septembre 2019.