«Soyez autonomes», telle est l’injonction paradoxale faite aux universités bénéficiant des responsabilités et compétences élargies dans le cadre de la LRU. Cette prescription est la contrepartie, imposée aux universités, de l’octroi de responsabilités nouvelles. L’université de naguère n’était pas autonome parce qu’elle ne gérait pas l’ensemble des dépenses afférentes à l’établissement, la gestion des salaires des fonctionnaires étant alors principalement assurée par l’Etat.

Ainsi, l’autonomie nouvelle consiste à un transfert de l’Etat vers les établissements, de responsabilités et de charges. La marge de manœuvre qui en découle revient en substance à permettre aux universités de faire et d’assumer des choix de publication, ou non, des postes libérés par les départs en retraite, d’opérer quelques recrutements de personnels contractuels, et de négocier avec les syndicats le régime indemnitaire des personnels. L’étau budgétaire dans lequel est enserrée cette liberté fait que cet octroi d’autonomie procède plus d’une déconcentration que d’une décentralisation.

Au-delà de la responsabilité de la stratégie financière, l’autonomie imposée enjoint aux universités de se responsabiliser quant à leurs stratégies scientifique et pédagogique : mise en doute implicite ; et émancipation trompeuse puisque cette prescription est limitée à la mise en œuvre des missions confiées par le législateur aux universités, dont la contrepartie financière est définie à partir d’indicateurs mesurant plus