Tête lourde, envie de rester au lit… Cette année 2024 commence-t-elle par une gueule de bois, la grippe (dont la circulation augmente), le VRS (responsable de la bronchiolite, qui marque le pas) ou un Covid-19 ? La dernière semaine de 2023, «les indicateurs des infections respiratoires aiguës étaient en hausse en médecine de ville et à l’hôpital, tous âges confondus», note Santé publique France (SPF) dans son bulletin épidémiologique hebdomadaire du 3 janvier.

Depuis plusieurs mois, SPF a intégré un nouvel indicateur à sa surveillance, celui des eaux usées. Un prélèvement est ainsi réalisé chaque semaine dans douze stations de traitement des eaux usées. Elles sont localisées dans les agglomérations de Dijon, Grenoble, Lille, Marseille, Nancy, Nantes, Orléans, Paris, Pau, Rennes, Rouen et Toulouse. La quantité de virus dans chaque échantillon est analysée par le Laboratoire d’hydrologie de Nancy de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail «afin d’estimer la circulation du virus sur le territoire et d’observer les tendances», explique SPF.

A voir la courbe de la présence du Sars-Cov-2 dans les eaux usées, on est tenté de dire que la vague de Covid-19 en cours est la plus importante depuis un an et demi et qu’elle semble arriver à son pic. «Si on peut dire que les valeurs des indicateurs Sum’eau actuels sont les plus élevés depuis le début de cette surveillance sur douze stations depuis mi-2022, on ne peut pas conclure sur le nombre de cas que cela représente au niveau national. Il est trop tôt à ce stade pour se prononcer sur un éventuel pic. La surveillance des eaux usées nécessite quelques semaines pour confirmer ou non ce ralentissement et le passage d’un pic», tempère SPF.

«Les données de surveillance des eaux usées ne peuvent donc être interprétées seules», insiste l’agence. Cette dernière a ainsi un ensemble d’indicateurs pour suivre les épidémies de virus respiratoires (passages aux urgences, actes SOS Médecins, analyses en laboratoire, etc.). Au 3 janvier, les consultations chez le médecin et aux urgences se stabilisent ou baissent – ce qui peut s’expliquer par les vacances scolaires –, mais restent à des niveaux élevés.

La surveillance dans les eaux usées est une nouveauté de cette pandémie. Elle a commencé dès l’été 2020 avec le réseau Obépine, lancé par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Les chercheurs suivaient les données de 150 stations sur tout le territoire. L’idée est simple : les personnes infectées rejettent du virus dans leurs eaux usées, ce qui permet de suivre la circulation de la maladie indépendamment des symptômes ou des tests passés. Le ministère de la Santé a depuis repris la main sur cette surveillance avec le réseau Sum’eau qui a changé la méthodologie d’analyse. Une rupture dans le suivi qui explique que les données de SPF ne remontent pas au-delà de juillet 2022.

SPF justifie pour sa part ce changement méthodologique en arguant que «les objectifs poursuivis dans un cadre de recherche – comme c’est le cas pour le réseau Obépine – et les objectifs poursuivis dans un cadre de surveillance pour la santé publique sont complémentaires mais pas strictement identiques». Malheureusement, l’ensemble des mesures de suivis mises en place ne permet pas d’avoir une vision claire et donc une forte réactivité face à la réalité de la circulation du virus. Quoi qu’il en soit, SPF rappelle que la circulation des virus respiratoires nécessite le maintien des gestes barrières : aération, port du masque et lavage des mains.