C’est devenu une habitude : à nouveau, le Covid s’invite dans les sujets de rentrée, après s’être immiscé sur la route des vacances. Depuis plusieurs semaines, les indicateurs hebdomadaires gonflent. Ils concernent l’ensemble des régions de France métropolitaine et des classes d’âges. «On observe cette reprise épidémique depuis fin juillet», confirme l’épidémiologiste Mircea Sofonea. Le dernier bulletin publié par Santé publique France le 20 septembre l’atteste toujours : en une semaine, les actes de SOS Médecins pour suspicion de Covid ont par exemple augmenté de 19 % (4 840 actes enregistrés). Le réseau Sentinelles note lui aussi une poursuite de «l’augmentation marquée» des cas en consultation de médecine générale (+15 % entre le 11 et 17 septembre). La hausse est plus marquée chez les enfants, avec un bond de 60 % noté par SOS Médecins, et de 23 % dans les passages aux urgences.

«Quatre, cinq mois sont passés depuis la vague précédente, pointe Mircea Sofonea. Cette reprise était attendue.» En ce laps de temps, la protection immunitaire s’est étiolée, des variants échappant à cette immunité ont pu émerger. Et des «moteurs circonstanciels» ont accéléré la dynamique, comme les rassemblements estivaux – on se souvient de l’avalanche de tests après les fêtes de Bayonne – puis la rentrée. «Impossible», pourtant, d’évaluer «la taille exacte de l’épidémie», insiste le modélisateur. Car les données se sont dégradées, notamment entre la baisse des dépistages et la suspension le 1er juillet du portail SI-DEP, qui permettait le suivi des résultats des tests PCR et antigéniques. «On n’a pas non plus de moyens financiers et humains suffisants pour les analyser précisément», indique-t-il. «Notre vision est moins fine. Mais on sait que malgré cette hausse assez nette, on n’atteint pas les niveaux des premières vagues, complète le virologue Yannick Simonin. On n’est pas dans une phase d’inquiétude avec une reprise épidémique incontrôlée, plutôt de vigilance.»

Vigilance tant sur la dynamique épidémique que sur les variants. Deux nouveaux venus se détachent. D’abord, EG.5.1 – aussi surnommé «Eris». Enième sous-lignage d’omicron, il est assez similaire aux précédents sous-variants : plus contagieux, il ne présente pas une sévérité plus importante, selon l’avis du 9 août de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). Aucune difficulté de détection par les tests antigéniques et PCR n’a été notée. Le second variant, BA.2.86 – «Pirola» – est moins répandu, mais plus mystérieux. Cet autre sous-lignage d’omicron, classé «sous surveillance» dès le 17 août par l’OMS, a été identifié pour la première fois en France le 31 août. «On le surveille particulièrement parce qu’il a accumulé une trentaine de mutations sur la protéine Spike», précise Yannick Simonin.

Ladite protéine permet au virus de s’attacher aux cellules qu’il infecte ; c’est aussi celle ciblée par les vaccins. D’où les questionnements sur une perte de leur efficacité, ou une propagation plus importante du virus. «Ils sont encore en suspens, reconnaît le chercheur. Les premières données ne montrent pas de risques accrus pour la santé. Les symptômes sont semblables au reste de la famille omicron.» C’est-à-dire similaires à d’autres virus respiratoires : fatigue, nez qui coule, toux, maux de gorge. La perte du goût et de l’odorat, emblématique en début de pandémie, est bien moins courante – comme l’atteste une étude publiée le 2 août dans Scientific Reports, menée sur plusieurs milliers de personnes au Royaume-Uni. «Omicron a changé la donne : il est plus contagieux, a provoqué des vagues plus conséquentes, mais sa virulence est moins importante», résume Yannick Simonin.

Les formes graves n’ont pas disparu pour autant. Tout comme les risques de Covid long. Les mesures de prévention pour les limiter n’ont pas changé : tests et masques en cas de symptômes, prudence avec les plus fragiles. Et vaccination. La campagne française a d’ailleurs été avancée au 2 octobre en réponse à la reprise épidémique. Elle est ouverte à tous, mais priorité aux personnes à risques : plus de 65 ans, personnes immunodéprimées ou présentant des comorbidités et leurs proches. Les vaccins mis à disposition, dans un premier temps de Pfizer puis de Novavax, ciblent le variant XBB.1.5 – majoritaire au début de l’été. «Il n’y a pas encore de données de terrain, mais les tests en laboratoire montrent qu’ils seraient efficaces contre les nouveaux variants», soutient Yannick Simonin.

«Entre les vaccins actuels ne permettant pas de bloquer la transmission et le déclin immunitaire, on ne peut pas espérer une élimination ne serait-ce que locale du Sars-CoV-2», rappelle toutefois Mircea Sofonea. L’épidémiologiste note une «périodicité» amenée à perdurer, avec «deux, trois, quatre variants qui s’imposent par an». «Vivre avec» le virus s’impose donc. Avec l’enjeu de ne pas céder à une trop grande lassitude, tant dans la prévention que dans la surveillance et la recherche scientifique.