Pour Andy Rhis, président de Phonak, numéro 3 du marché mondial des appareils auditifs, la victoire de Floyd Landis marquait la reconnaissance d'un travail acharné, après des années difficiles . Depuis ses débuts en 2000, l'équipe suisse a connu de nombreux problèmes avec le dopage. Et ce malgré la charte éthique dont est elle s'est dotée, et qui précise que ceux qui se dopent ne sont pas engagés et ceux qui sont testés positifs licenciés.

Pourtant en 2003, l'équipe va commencer à faire parler d'elle en recrutant  Zülle convaincu de dopage en 1998.

En 2004, c'est le premier scandale d'importance. Deux des leaders de l'équipe,  l'Américain Tyler Hamilton, champion olympique du contre la montre à Athènes et l'Espagnol Santiago Perez, deuxième de la Vuelta, sont convaincus de dopage par transfusion sanguine à partir du sang d'un donneur compatible. De même, Oscar Camenzind, ancien champion du monde en 1998 est suspendu pour prise d'EPO.

Tous trois seront licenciés par l'équipe. Mais l'affaire a failli coûté la place de la Phonak au sein du Pro Tour. Seule une décision du Tribunal arbitral du Sport (TAS) lui redonnera finalement sa place dans l'élite mondiale du cyclisme.

Echaudé par ce scandale, John Lelangue qui a pris les rênes de l'équipe fin 2004, défini un protocole médical sévère. Cinq jours avant une épreuve, les coureurs subissent diverses analyses sanguines (hématocrite, globules rouges…). De même durant les grandes épreuves, les